一般人認為，志賀菌感染的診斷比較容易，以為出現腹瀉便可診斷為志賀菌感染，實際上很多疾病可出現腹瀉，有腹瀉者不一定是感染性腹瀉，更不一定是志賀菌感染。

　　專家表示，在傳染病領域內，志賀菌感染的誤診率較高。因此，診斷志賀菌感染一般可以通過以下手段進行檢查。

　　血象。急性志賀菌感染常有白細胞增多；中性粒細胞增多，核左移，慢性病例有輕度貧血。

　　糞便檢查。流行季節有腹瀉或有腸道功能紊亂者，都應該進行糞便檢查。

　　快速病原學診斷，包括免疫熒光菌球法，增菌乳膠凝集法，協同凝集試驗，免疫艷藍染色法，可以快速從糞便中獲得陽性結果，對志賀菌感染的早期診斷有一定幫助。

　　單克隆抗體點免疫結合夾心法（DIAB）及反向間接血凝法。

　　DNA探針法。有人采用堿性磷酸酶標記的探針和糞便標本進行雜交，早期陽性率可達85%，較常規培養陽性率56%顯著增高，增加了早期診斷陽性率。

　　X線檢查。慢性志賀菌感染進行鋇餐或鋇劑灌腸，可見腸道痙攣，袋形消失，腸壁增厚，腸腔狹窄及腸段縮短等改變。